Прошло три года со времени действия Seikai no Monshou. Начавшаяся война между Человеческой Империей Ав и Объединённым Человечеством набирает обороты. Лафир получает под своё командование «атакующий корабль», Джинто устраивается на тот же корабль интендантом.

Дзин Кадзама постигал боевые искусства под руководством матери, но однажды её убивает могущественный злодей Огр. Парень отправляется на поиски деда — легендарного воина Хэихати Мисимы, известного жестоким нравом и суровыми педагогическими методиками, — чтобы отомстить Огру, сойдясь с ним в турнире

Мир людей и мир магиков более-менее мирно сосуществуют бок о бок длительное время. Люди не трогают магиков, те же не лезут в дела людей. А люди, похоже, и забыли, что есть параллельный мир, и живут, вкушая плоды прогресса. Но не все магики согласны с таким положением вещей. И вот в момент, когда

Файл 12-1 исторического архива Зиона освещает события, приведшие к первому массовому геноциду машин людьми, что в свою очередь стало причиной учреждения выжившими и изгнанными роботами независимого машинного государства, начавшего экономическую экспансию в мир людей.

Хакерша Хельба собирает вместе всех главных персонажей предыдущих сериалов и игры, заставляя их разгадывать тайну загадочных убийств их товарищей-игроков, ключ к которой якобы находится в Сумрачных Горячих Источниках.

Старшеклассник Лин, завербованный Анной Уильямс из корпорации G, должен проникнуть в Киотский университет и найти студента по имени Син Камия. Тем временем глава конгломерата «Мисима» Дзин Кадзама поручает такое же задание Алисе Босконович.