Земля, XXVI век. Под небесным городом Салемом находится нижний город-свалка, где живут отбросы общества. Однажды вместе с мусором в нижний город сбрасывают останки девушки-киборга, которого находит и решает починить доктор Идо. После восстановления выясняется, что у киборга нет воспоминаний.

На военном судне «Эгида», являющемся прототипом реального корабля Министерства обороны Японии, обнаружен труп представителя сил самообороны. Есть предположение, что на корабль проник шпион. Конан берется за расследование.

На заколдованном острове живут шестеро детей полудемонов. Остров захвачен четырьмя злобными богами, которые раз в 50 лет убивают по одному полудемону, чтобы поддержать свою силу, и параллельно с этим остров появляется во «внешнем» мире. Дети не могут сбежать, так как все, кроме одной девочки,

Знаменитый вор Кайто Кид заявляет, что в ближайшее время он собирается украсть особый меч, который хранится в додзё семьи Минэ. Детектив Конан Эдогава, Когоро Мори и остальная команда прибывают на место, где встречают Яибу Куроганэ. Вместе они готовятся помешать Киду осуществить задуманное, но

Нынешнее божество решает, что неплохо бы уйти на покой. Но нельзя же оставлять Землю без Бога! Поэтому он решает провести некое состязание среди достойных кандидатов в следующие боги. Каждый кандидат выбирает понравившегося ему школьника и дарует ему силу на свой выбор. Мальчики и девочки сражаются