Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.

Хироя Мацумото, надеявшийся стать первоклассным служащим, как его отец, был принят на работу в крупную торговую компанию. Он и не догадывался, что был нанят в тайный отдел компании - Специальное подразделение: Шайнзман. Их цель - противостоять ужасной угрозе пришельцев, неведомой землянам.

Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в

Приключение перерастает в сражение: на сцену выходит Мьюту - покемон, созданный био-инженерией из ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов. Стремясь доказать свое могущество, Мьюту заманивает Эша, Пикачу и остальных на невиданный в истории матч покемонов. Мьюту против Мью. Супер-клоны против