Человек в маске, представленный зрителю как Учиха Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего проникает в Коноху, где сталкивается с Наруто и Сакурой. С помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает героев в параллельную реальность, где всё наоборот, родители Наруто

Наруто, Какаши, Сакура и Рок Ли получают миссию охранять принца из Земель Луны. Земля Луны отличается своим богатством, так что принц намеривается купить всё, что он встречает по пути. И когда по дороге они встречают цирк он покупает там редкого питомца, саблезубого тигра, и всех остальных животных

По сюжету Наруто сажают в тюрьму под названием «Кровавая тюрьма» за покушение на убийство Райкагэ и убийство нескольких синоби, и Наруто пытается доказать свою невиновность.

По старым долгам надо платить. И вновь неведомый враг предъявляет Конохе кровавый счет, вновь гибнут люди, и спасение Страны Огня зависит от горстки наших старых знакомых – Наруто, его друзей, учителей и старших товарищей. Едва пережив нападение на Листву, Наруто, Сакура и Хината вместе с целителем

Научный комплекс «Райские врата», террористическая атака, катастрофа «Двойной Икс» - из этих разрозненных поначалу кусочков начинает складываться картина величественного противостояния мощных сил.

Модель Масаёси Хадзама решил стать супергероем несмотря на то, что у него нет ни суперспособностей, ни компенсирующего этот недостаток высокотехнологичного костюма. Он берет псевдоним Самурай Фламенко и начинает сражение с преступниками. Его истинная личность становится известна офицеру полиции