Обычный парень Тоя Синдзё однажды узнаёт, что принадлежит к расе Вечных. Узнав о вторжении существ из другого мира, Тоя решает защитить Землю от захватчиков.

Тихое местечко в регионе Джото, где протекают кристально-чистые реки, возвышаются могучие горы. Мьюту и его друзья супер-клоны покемонов наконец-то нашли место, где они смогут жить, жить в тишине и покое, в далеке от суровых законов человечества, от ненависти и зла.